Calculadora de Temperatura de Fusión del ADN
Estima la temperatura de fusión (Tm) de un cebador de ADN a partir de su secuencia.
Solo se cuentan las bases A, T, G y C (sin distinguir mayúsculas/minúsculas). Cualquier otro carácter se ignora.
Temperatura de Fusión Estimada (Tm)
°C
Longitud de la Secuencia (n)
Contenido GC
Tm Regla de Wallace
Tm Fórmula %GC
Composición de Bases
¿Qué es la Temperatura de Fusión del ADN?
La temperatura de fusión (Tm) de una secuencia de ADN es la temperatura a la que la mitad de las moléculas de ADN de doble cadena de una muestra se han separado (desnaturalizado) en cadenas simples. Es una propiedad clave de cualquier primer u oligonucleótido, ya que la fuerza del emparejamiento de bases determina con qué facilidad se separan las dos cadenas al calentarse.
Los pares de bases G–C se mantienen unidos por tres enlaces de hidrógeno, mientras que los pares A–T comparten solo dos. Por ello, las secuencias más ricas en G y C tienden a tener una Tm más alta. La longitud de la secuencia también importa: los dúplex más largos son más estables y se funden a temperaturas más altas.
Regla de Wallace vs Fórmula del %GC
Regla de Wallace (oligos cortos, n < 14)
También llamada "regla 2+4", ofrece una estimación rápida para primers cortos:
Tm = 2 × (A + T) + 4 × (G + C) °C
Es simple y funciona razonablemente bien para oligos de menos de unas 14 bases, pero ignora la concentración de sal, la concentración de oligo y la estructura de mayor alcance, por lo que se vuelve poco fiable para secuencias largas.
Fórmula del %GC (secuencias largas, n ≥ 14)
Para secuencias más largas, una fórmula basada en el contenido GC da una mejor estimación:
Tm = 64,9 + 41 × (G + C − 16,4) / (A + T + G + C) °C
Esta fórmula tiene en cuenta tanto la longitud como el contenido GC. Sigue siendo una aproximación: no modela la sal ni la concentración de cadena, y para trabajos precisos los investigadores usan modelos termodinámicos del vecino más cercano.
La Tm en el Diseño de Primers para PCR
En una reacción en cadena de la polimerasa (PCR), la temperatura de hibridación suele fijarse unos grados por debajo de la Tm de los primers. Elegir una buena Tm ayuda a que los primers se unan específicamente a su diana.
- Busque primers con una Tm de aproximadamente 52–62 °C para PCR estándar.
- Mantenga la Tm de un par de primers directo e inverso dentro de unos 5 °C entre sí.
- La temperatura de hibridación suele fijarse unos 3–5 °C por debajo de la Tm del primer más baja.
- Un contenido GC muy alto puede causar estructuras secundarias estables; uno muy bajo puede reducir la especificidad.
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Descargo de Responsabilidad Educativa: Esta calculadora de temperatura de fusión del ADN proporciona estimaciones aproximadas basadas en fórmulas simplificadas (la regla de Wallace y una fórmula de contenido GC). Estas no tienen en cuenta la concentración de sal, la concentración de oligonucleótido, los desapareamientos ni la estructura secundaria. Para diseños experimentales que requieran alta precisión, use modelos termodinámicos del vecino más cercano y protocolos de laboratorio validados.