Calculateur de Température de Fusion de l’ADN

Estimez la température de fusion (Tm) d’une amorce d’ADN à partir de sa séquence.

Séquence d’ADN (amorce / oligonucléotide)

Seules les bases A, T, G et C sont comptées (sans tenir compte de la casse). Tout autre caractère est ignoré.

Qu’est-ce que la Température de Fusion de l’ADN ?

La température de fusion (Tm) d’une séquence d’ADN est la température à laquelle la moitié des molécules d’ADN double brin d’un échantillon se sont séparées (dénaturées) en simples brins. C’est une propriété clé de toute amorce ou oligonucléotide, car la force de l’appariement des bases détermine la facilité avec laquelle les deux brins se séparent lors du chauffage.

Les paires de bases G–C sont maintenues par trois liaisons hydrogène, tandis que les paires A–T n’en partagent que deux. Les séquences plus riches en G et C ont donc tendance à avoir une Tm plus élevée. La longueur de la séquence compte aussi : les duplex plus longs sont plus stables et fondent à des températures plus élevées.

Règle de Wallace vs Formule du %GC

Règle de Wallace (oligos courts, n < 14)

Également appelée « règle 2+4 », elle donne une estimation rapide pour les amorces courtes :

Tm = 2 × (A + T) + 4 × (G + C) °C

Elle est simple et fonctionne raisonnablement bien pour les oligos de moins d’environ 14 bases, mais elle ignore la concentration en sel, la concentration en oligo et la structure à longue portée, ce qui la rend peu fiable pour les séquences longues.

Formule du %GC (séquences longues, n ≥ 14)

Pour les séquences plus longues, une formule basée sur le contenu GC donne une meilleure estimation :

Tm = 64,9 + 41 × (G + C − 16,4) / (A + T + G + C) °C

Cette formule prend en compte à la fois la longueur et le contenu GC. Elle reste une approximation : elle ne modélise ni le sel ni la concentration des brins, et pour un travail précis les chercheurs utilisent des modèles thermodynamiques de plus proche voisin.

La Tm dans la Conception d’Amorces PCR

Dans une réaction en chaîne par polymérase (PCR), la température d’hybridation est généralement fixée quelques degrés en dessous de la Tm des amorces. Choisir une bonne Tm aide les amorces à se lier spécifiquement à leur cible.

Visez des amorces avec une Tm d’environ 52–62 °C pour une PCR standard.
Gardez la Tm d’un couple d’amorces sens et antisens à environ 5 °C l’une de l’autre.
La température d’hybridation est souvent fixée environ 3–5 °C sous la Tm de l’amorce la plus basse.
Un contenu GC très élevé peut provoquer des structures secondaires stables ; un GC très faible peut réduire la spécificité.

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Avertissement Éducatif : Ce calculateur de température de fusion de l’ADN fournit des estimations approximatives basées sur des formules simplifiées (la règle de Wallace et une formule de contenu GC). Celles-ci ne tiennent pas compte de la concentration en sel, de la concentration en oligonucléotide, des mésappariements ni de la structure secondaire. Pour une conception expérimentale nécessitant une grande précision, utilisez des modèles thermodynamiques de plus proche voisin et des protocoles de laboratoire validés.